Problemas com arquivos .php e o apache

[D.Ravos]

Bom, é uma dúvida estranha não soube nem como procurar no google, deve ser algo banal e completamente bizarro ao mesmo tempo.

Primeiro vamos ao caso, eu desenvolvo páginas em PHP em computadores com o windows 7 e posteriormente por um HD externo coloco em um servidorzinho linux.

1- Arquivos criados no windows parecem não rodar no linux, e páginas criadas diretamente no linux funcionam sem problemas, lembrando que estou falando de páginas php apenas

2- O apache não reconhece as subpastas depois de ~/var/www, ficando impossivel de acessar /img/, /css/ ou qualquer outra pasta

Alguma dica para corrigir os dois problemas?

[DiF]

Já me aconteceu isso e não resolvi. então alguns de meus projetos eu só desenvolvo no windows.. e outros já comecei no linux